Permohonan pendaftaran pupuk organik atau pembenah tanah diajukan secara tertulis kepada Kepala Pusat Perizinan dan Investasi, dengan menggunakan formulir yang ada. Dan dibubuhi materai secukupnya serta melampirkan persyaratan yang ditentukan
Kepala Pusat Perizinan dan Investasi setelah menerima permohonan pendaftaran secara lengkap, paling lambat dalam jangka waktu 10 (sepuluh) hari kerja, wajib memberikanjawaban secara tertulis mengenai diterima atau ditolaknya permohonan pendaftaran
Kepada pemohon yang diterima, diwajibkan untuk melakukan pengujian mutu formula pupuk organik atau formula pembenah tanah yang didaftarkan
Penilaian terhadap hasil uji mutu dan uji efektivitas didasarkan pada standar mutu atau persyaratan teknis minimal
Formula pupuk organik atau formula pembenah tanah yang telah memenuhi standar mutu dan efektifitas atau persyaratan teknis minimal, dinyatakan lulus uji oleh Lembaga pengujian dan diberikan sertifikat formula
Formula pupuk organik atau formula pembenah tanah yang telah mendapat sertifikat dari lembaga pengujian, sebelum diproduksi dan atau diedarkan harus menyampaikan hasil pengujian mutu dengan menggunakan formulir yang ada, dan melampirkan sertifikat formula serta konsep label pada pejabat eselon II
Pejabat eselon II paling lambat dalam waktu 7 (tujuh) hari kerja sejak menerima hasil pengujian mutu, wajib menerbitkan penetapan nomor pendaftaran
Apabila hasil uji mutu dan sampel pestisida tidak memenuhi syarat, Kepala Pusat memberitahukan kepada pemohon, dan pemohon dapat mengajukan permohonan ulang untuk dilakukan uji mutu
Nomor pendaftaran berlaku untuk jangka waktu selaifla 5 (lima) tahun, dan dapat diperpanjang 1 (satu) kali untuk jangka waktu 5 (lima) tahun berikutnya sepanjang masih memenuhi persyaratan minimal mutu
Apabila jangka waktu nomor pendaftaran setelah diperpanjang 1 (satu) kali untuk jangka waktu 5 (lima) tahun berakhir, pemegang nomor pendaftaran harus memperbaruhi
Berdasarkan nomor pendaftaran pemohon dapat meminta izin untuk memproduksi dan atau memasukkan pupuk organik atau pembenah tanah serta mengedarkan pupuk organik atau pembenah tanah berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku